Как индексируются документы и каких форматов ....

Про первое - решается скриптом ..... «День гаишника»
Про второе ....... Тут сложнее.

Точно, то, что внешние файлы, не будут связаны со страницам на которых отображаются, и это - факт. Но, по идее, если директория не закрыта от индекса - проиндексированы будут.

Возможно, не проверял лично, но полагаю, немного лучше дела обстоят с импортом удалённого кода, то есть вы создаете страницу с текстом и вставляете в контент через импорт удалённого кода.
По идее, так как она обрабатывается на стороне сервера, и, соответственно, не зависит от скриптов - должна попасть в индекс, вместе со страницей куда встроена.
МОГУ ошибаться - не проверял.
...

Окна iFrame
Иногда для показа содержания на веб-страницах используются окна iFrame. Содержание, отображаемое с помощью iFrame, не индексируется и не показывается в результатах поиска Google. Использовать окна iFrame для показа содержания не рекомендуется. Если вы используете окна iFrame, не забудьте добавить дополнительные текстовые ссылки на показываемое в них содержание, чтобы робот Googlebot мог просканировать его и внести в индекс.

Индексирование flash:
1. индексируется, если он не встроен в HTML и страница передается с HTTP-заголовком, содержащим Content-Type: application/x-shockwave-flash;
2. индексируются файлы *.swf, если на них есть прямая ссылка

Обработка текстовых документов
Ниже приведен список форматов файлов, потенциально пригодных для индексации:
# Текстовые файлы (txt).
# HTML-страницы (htm, html).
# Документы Adobe Acrobat (pdf).
# Файлы PostScript (ps).
# Документы MS Word (doc).
# Файлы RTF (rtf).
# Файлы мультимедиа (mp3, ogg, avi, mpeg и др.).
# Исполняемые файлы (exe). Иногда такие файлы можно.....

Так ... для информации ....
«индексируется ли IFRAME?»